Destacamos las más importantes:
- ALAMBRADO: magulladuras en la superficie de las aceitunas y huecos internos en la pulpa. Puede incluso llegar a producirse vejigas o ampollas. Se produce como consecuencia de la producción excesiva de CO2 por parte de un exceso de Bacillus y de Gram negativos. Como solución tenemos ajustar el valor del pH inicial.

- BUTÍRICA: esta alteración es provocada por el excesivo desarrollo de Clostridium durante las primeras fases de la fermentación. Se obtienen aceitunas con el sabor y olor a descomposición. Se puede provenir manteniendo el nivel adecuado de sal, siempre por encima del 5 % y retirando periódicamente los fondos alcalinos.

- ZAPATERÍA: se debe al desarrollo de bacterias propiónicas y de Clostridium pero en este caso durante la conservación o cuarta fase, cuando el pH sube por encima de 4,5 unidades. Se soluciona añadiendo mayor cantidad de sal (hasta el 8% o superior) para inhibir el desarrollo de los microorganismos causantes, retirando los fondos alcalinos y evitando la formación de natas y levaduras superficiales.

- ABLANDAMIENTO: en este caso la alteración es producida por un desarrollo masivo de microorganismos pectinolíticos, ya sean bacilos, levaduras o mohos. Para evitar su desarrollo se debe mantener un buen cierre anaeróbico durante la conservación.

- SEDIMENTO Y GAS: este problema se produce ya en el envasado por el desarrollo de microorganismos. También se puede producir gas por encontrarse restos de azucares por una fermentación incompleta.

- OTROS: